宗教被科學比下來，所以宗教理論是錯的？
有些反對宗教的人質疑：宗教以往那麼強盛，人力財力都雄厚，後來卻被科學比下來，這表示宗教理論是錯的。 我覺得這種說法沒道理。
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宗教與宗教學
很多人批評宗教「不求真」，教徒不知道某個儀式、戒律的意義，只是盲目相信（迷信）一些信條、遵守一些儀式和禁忌，毫無理性可言。 這種批評是拿宗教和求真的科學、哲學類比，這似乎有待商榷。個人淺見以為， 「宗教學」和「宗教」應該區分開來，宗教學比科學，宗教比科技。
體質的意義與無意義
「 體質 」是「身體的特質」，是一種虛擬詞。一般而言，是形容身體相對穩定的形態或機能特徵。所謂「相對穩定」，通常是指：長期、慢性、原因說不清楚、不容易改變等等。 然而，要回答「為什麼」，要分析、解決問題時，體質兩字是不精確的。
為何真人不露相
宗教常主張慈悲，也常有諸如此類的說法：會神通的人很少，有神通的人多半也不大願意展現。 有些人會這樣質疑：展現神通而被科學家檢驗為真，就可以激起信眾、非信眾強大的信心，讓人們如法修行，這不是慈悲心的最大展現嗎？既然他們不這麼做，表示要嘛根本沒有神通，要嘛證得神通的人並沒有所謂的慈悲觀。 這種說法有個盲點：展現神通的結果未必可能有利有弊，未必是慈悲心的最大展現。
證據不夠充分？
當我們批評一套知識或信念「非科學」、「偽科學」、「不科學」時，我們不是說它「不正確」或「不可信」，而是說它「沒有提供充分的證據」「沒有講清楚證明過程」。於是，許多中醫理論不是科學理論，許多宗教理論也不是科學理論。 然而，怎樣才是「足夠的證據」？這界限是很主觀、很模糊的。
學術的檢驗門檻
有些人認為，科學理論必須是人人可以檢驗的，而超自然理論（比如佛學的因果、輪迴）只有相應的神通者可以檢驗，所以超自然理論再怎樣精確、有系統，也只能是神通者之間的科學，而無法成為所有人的科學。 這想法恐怕有待商榷。
根據最好的證據治療
證據等級 的「強」與「弱」，只和「可靠」程度有關；而可靠與否和「療效」、「副作用」的多或少無關。 如果可靠的療法效果普普，副作用極大，而且非常昂貴；不可靠的療法效果又快又吸引人，副作用極小，而且相當便宜。你會怎麼選？